Unité Mixte de Recherche – Inserm U1283 / CNRS UMR 8199
(Epi)génomique Fonctionnelle et Physiologie Moléculaire
Du Diabète et Maladies Associées
Directeur : Pr. Philippe FROGUEL
INSERM, CNRS, Université de Lille, Institut Pasteur de Lille, CHU de Lille
Biostatisticien·ne / Data Scientist
Contrat post-doctoral ou Contrat CDD de 1 an à temps plein (renouvelable)
L’unité Inserm U1283 / CNRS UMR 8199
Qui sommes-nous ?
L’unité Inserm U1283 / CNRS UMR 8199 ((Épi)génomique Fonctionnelle et Physiologie Moléculaire du Diabète et Maladies Associées) est
un laboratoire de recherche regroupant 60 personnes dirigées par le Professeur Philippe FROGUEL. Elle fait partie de l’Institut Européen de
Génomique du Diabète (EGID) et a été lauréate en 2011 (renouvelé jusqu’en 2025) des appels à projets “Laboratoire d’Excellence” (LABEX)
et “Équipement d’Excellence” (EQUIPEX LIGAN MP).
Que faisons-nous ?
Nos activités de recherche portent sur la caractérisation de variations génétiques associées à des maladies métaboliques telles le diabète
et l’obésité et utilisent les approches modernes de génomique, bioinformatique, biostatistique, biologie moléculaire et modèles animaux.
Le groupe biostatistique
Qui sommes-nous ?
Le groupe biostatistique est en charge des analyses statistiques et contribue à l’élaboration du design des études, notamment dans le cadre
des demandes de financements. Le groupe biostatistique comporte trois membres et est supervisée par Mickaël CANOUIL, Ph.D.
Que faisons-nous ?
L’objectif principal du groupe biostatistique consiste à apporter un soutien méthodologique fort aux différentes stratégies proposées par
le laboratoire. Cela inclut, des développements méthodologiques et le développement d’outils de visualisation et d’analyse, notamment
pour les données issues des technologies de puce et de séquençage à haut débit (p. ex., Methyl-seq, RNA-seq, etc.).
Nos réalisations
Notre expertise dans l’utilisation du programme R (https://www.r-project.org/) et des extensions qui lui sont associées, nous a permis de
développer des applications shiny (extension R) pour la visualisation et l’analyse de données de différentes natures et en particulier les
données de transcriptomiques (p. ex., NanoString, qPCR, etc.), ainsi que des outils dynamiques de calcul de puissance statistique, dans un
rôle de soutien à l’activité de recherche de l’unité.
Le groupe biostatistique a également développé des extensions R :
NACHO “NAnostring quality Control dasHbOard” ; insane, “INsulin Secretion ANalysEr” ; snpEnrichment, “SNPs Enrichment Analysis” ; clere, “Simultaneous Variables Clustering and Regression”.N° ordre (Philippe FROGUEL) : 590784922
UMR1283/8199 - EGID – Faculté de Médecine – Pôle Recherche
1 Place de Verdun – Aile Ouest – 1er étage – 59045 LILLE CEDEX
Tél. : 33-(0)3-74-00-81-01 (ou) 81-00 (secrétariat)
Qui êtes-vous ?
Activités dominantes
Le/la collaborateur/collaboratrice recherché(e) interviendra en amont (design expérimental, calcul de puissance) et en aval des études de
type omiques et biologiques réalisées par le laboratoire. Il ou elle participera grâce à ses connaissances en statistiques et en analyse des
données à répondre à des questions de recherche variées, et sera capable d’implémenter des idées rapidement et de créer des chaines de
traitement reproductible.
Profil recherché
• Formation supérieure (Master 2 / ingénieur) ou doctorale en biostatistique en (bio)statistique, mathématique ou domaine
apparenté - Expérience souhaitable, débutants acceptés selon profil.
Très bonne connaissances théoriques et appliquées en statistique. Expérience ou connaissance dans le développement de modèle (« machine learning », « bosstrapping », etc. et/ou approches de régression) et dans la réalisation d’analyse prédictive. Maîtrise du langage R avec ses outils de visualisation des données (p. ex., Shiny et ggplot2). Connaissance et/ou maîtrise des extensions : targets et renv. La maîtrise d’autres langages comme Python ou C/C++ serait un plus. Bonne connaissance de l’environnement Unix/Linux (en particulier Debian). Expérience de développement collaboratif à l‘aide des outils git et docker. Connaissances dans le domaine de la génétique et de l’épigénétique serait un atout. Maîtrise écrite et orale de l’anglais. Qualités organisationnelles (autonomie, respect des délais, anticipation des sources de retards, etc.), présentation synthétique et didactique des résultats scientifiques. Grande capacité (écrite et orale) de communication, être capable d’expliquer des résultats techniques à une audience non technique ou spécialisé dans le domaine Une expérience en management serait appréciée.Informations administratives
• Début : Dès que possible.
Contact
Envoi d’un CV et d’une lettre de motivation à Mickaël CANOUIL, Ph.D. et Amélie BONNEFOND, Ph.D. :
mickael.canouil@cnrs.fr amelie.bonnefond@cnrs.frN° ordre (Philippe FROGUEL) : 590784922
UMR1283/8199 - EGID – Faculté de Médecine – Pôle Recherche
1 Place de Verdun – Aile Ouest – 1er étage – 59045 LILLE CEDEX
Tél. : 33-(0)3-74-00-81-01 (ou) 81-00 (secrétariat)
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