AVP 009 DATA SCIENTIST UNITE D'INFORMATIQUE ET D'ARCHIVISTIQUE MEDICALE GROUPE HOSPITALIER PELLEGRIN

Contenu de l'offre AVP 009 DATA SCIENTIST UNITE D'INFORMATIQUE ET D'ARCHIVISTIQUE MEDICALE GROUPE HOSPITALIER PELLEGRIN chez CHU DE BORDEAUX

33000 Bordeaux Contexte
L’unité IAM, en lien étroit avec la Direction des Systèmes d’Information du CHU de Bordeaux, met en place un entrepôt de données cliniques (i2b2, OMOP) pour faciliter la réutilisation secondaire des données à des fins de recherche, d’amélioration de la pertinence et de la qualité des soins. Le projet est inscrit au projet d’établissement du CHU de Bordeaux. Cette unité est composée de quatre médecins spécialisés en informatique médicale, d’un ingénieur ETL, de quatre internes en médecine et d’un externe en pharmacie. L’équipe conçoit et implémente une architecture basée sur des technologies open source à l’état de l’art dans le domaine de la santé en lien avec des équipes de recherche universitaires (INSERM U1219).

Description de la mission
Sous la responsabilité d’un médecin de l’unité, le(la) data scientist aura pour principale mission l’identification automatique de patients éligibles aux études de la recherche clinique par des méthodes à base de règles et statistiques. La tâche consiste à classifier automatiquement des données médicales hétérogènes (données structurées et non structurées) en fonction de critères recherchés puis à intégrer les résultats d’algorithmes prédictifs dans une interface métier. Il(elle) travaillera en lien avec les professionnels de la direction de la recherche clinique et de l’innovation (DRCI) pour intégrer les méthodes développées, basées sur les données, dans leur processus d’identification de patients éligibles.
Systèmes de gestion de bases de données relationnelles (connaissance de Oracle serait un plus) Algorithmes de classification (régression logistique, séparateurs à vaste marge, K-voisins, forêts aléatoires, gradient boosting…) Maîtrise d’un langage de scripts : Python, R ou Julia Développement d’API et documentation en anglais Maîtrise de Git Maîtrise de l’environnement Linux (Bash, SSH, Tux) et des licences open-source Expérience dans le développement d’applications web (connaissance de Node.js et React.js serait un plus) Expérience dans le traitement automatique de la langue (pre-processing, étiquetage morpho-syntaxique, word embedding, RNN, LSTM, GRU, Transformers) serait un plus Expérience dans Docker serait un plus Méthodologie de développement et de gestion de projet